对下级政府财政决算审计有效规范了各级地方政府的财政分配情况行为。1995年,审计署重点对财政决算赤字真实性、财政支农资金的筹集和使用,以及预算外专项资金的设立和使用情况进行了专项审计调査,査出违反财政制度金额238亿元。
1996年审计署组织对广东、福建等18个省、市、区和计划单列市1995年度省级财政决算进行审计,重点审査地方政府和财税部门执行国家统一政令和维护中央利益情况。审计査出各类违反财税制度问题167个,涉及金额141亿元,其中影响中央财政收入15亿元。
审计署1997年确定省级财政决算审计的指导思想是,把省级财政决算审计作为中央预算执行审计的组成部分,为深化中央预算执行审计服务;通过“上审下”,支持和促进省级财政预算执行审计工作。当年,审计署对辽宁、北京等18个省、区、市和计划单列市1996年度财政决算进行了审计。审计共査出各类违反财政税制度问题254个,金额319亿元,其中影响中央财政收入22亿元。
1998年,审计署组织对广东、上海等18个省、市、区和计划单列市1997年度财政决算进行审计,共査出各类违反财税制度问题金额33亿元,其中影响中央财政收入4.46亿元。
2001年,审计署对四川、广东、山东、吉林、贵州、陕西、江西等7个省2000年度省级财政决算进行审计,重点审査2000年度中央财政补助地方支出中的专项补助、结算补助和其他补助资金的管理使用状况。这次审计共査出地方挤占挪用,滞留中央补助资金等违纪违规行为金额14亿元。
2003年审计署对中西部地区49个县(市)财政状况开展了专项审计调査。这是审计署成立以来,第一次对县财政状况进行了专项调査。截至2001年底,49个县(市)的财政赤字、负债和欠发工资总计达199亿元。
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