1986年以后,审计署对中央行政事业单位开展了大量财务收支审计,并普遍实行了定期审计制度,审计的内容主要是财务收支是否真实和符合财经制度规定,内部控制制度是否严密、有效等等。
1986年,审计署先后对纺织工业部、冶金工业部的行政经费进行了试审。1987年7月至1988年7月,审计署共审计了31个单位,有27个单位挪用专项资金共1.06亿元。
1988年审计署对32个中央部、委、直属局实行了定期审计,查岀违纪金额1.02亿元。
1989年,结合清理整顿公司,审计署对中国科学院的动物研究所、计算研究所创办的公司进行了调查。发现了公司办得过多、过滥及财务管理混乱、分配不公等问题。
从1991年起,审计署改进了审计方式,把被审计单位分为重点和一般审计。重点审计单位是指资金量大、财经活动较多,管理较差、问题较多的单位。对一般单位,则以审查会计报表或账册为主。
1992年,审计署对国务院37个部门行政经费预算及管理使用情况再次进行审计调査,发现的主要问题:行政经费预算缺口大、单位之间开支很不平衡、存在铺张浪费现象。
1993年审计署对中国科学院化学研究所、化工部黎明化工研究所、中国水产科学研究院等18个规模较大的科研单位的科技经费进行了审计调查。
1994年,审计署对外交部、国家计委等部门进行审计,共查出违纪金额3.4亿元,其中应上缴财政2909万元,应追回被挤占挪用的专项资金1.1亿元。
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